Engizisyon mahkemeleri Avrupa tarihinin en kara sayfalarından birini oluşturur. Mahkemeler, heretik diye adlandırılan, dinden sapmış, kilise otoritesini reddeden dinsel öğretilere sahip kişileri bulmak ve bu öğretilerden uzaklaştırmak için kurulmuştu. Büyücülük, cadı avları ve simya da bu mahkemenin ilgi alanına giriyordu.
Mahkemeleri acımasız kılan ise mücadele yöntemleriydi. İşkence ve kazığa bağlayarak yakma en çok kullandıkları tekniklerdi. İşkence malzemesi olarak ise kızgın kerpetenler, çivili sandalyeler, büyük huniler, parmakları sıkıştıran mengeneler ve ölüm askıları kullanılıyordu. İlk dönemlerde pek çok insanın, bazen yüzlerce kişinin direğe bağlanarak yakıldığı söylenir.
Avrupa’nın karanlık tarihine adını yazdırmış üç büyük engizisyon mahkemesi vardır:
Papa IX. Gregorius’un kurduğu ve amacı heretik gruplarla mücadele olan Ortaçağ Engizisyonu;1478’de Papa IV. Sixtus’un kurduğu ve İspanya’daki Yahudi ve Müslümanlarla mücadeleyi amaçlayan İspanyol Engizisyonu ve 1542’de III. Paulus tarafından kurulan, Calvin ve Lutherciler’e savaş açan Roma Engizisyonu.
Uygulamaları ve aldıkları önemli kararlarla tarihe adlarını yazdıran bu mahkemeler içinde İspanya ve Roma mahkemeleri üzerinde ayrıca durmak gerekir.
1478 yılında Castilla Kraliçesi I.Isabella’nın ısrarı üzerine,Papa IV.Sıxtus tarafından kurulan İspanyol engizisyonu ülke içinde yaşayan Müslüman ve Yahudilerle mücadeleyi esas almıştı.Aragon ve Kastilya’nın Katolik hükümdarları dinsel ve siyasal birliği sağlamlaştırabilmek için bu mahkemeyi sıkça kullanıyorlardı.Bu mahkemeleri aldığı acımasız kararlar yüzünden Papa IV.Sıxtus Sevilla’da görev yapan bir mahkemeye müdahale etmek zorunda kalmıştı.Başenkizitör Dominiken Tomas de Torquemada ise işkencecilerin simgesi haline gelmişti.Onun döneminde direğe bağlanarak yakılanların sayısı büyük olasılıkla 2 bin dolayındaydı.İspanyol Katolik Kilisesi’nin bu mahkemeleri kullanarak Yahudileri dönüştürme projesi 200.000 Yahudi’nin 1492 yılında İspanya’yı terk etmesine yol açtı.İspanya topraklarından kaçan bu Yahudiler Osmanlı İmparatorluğu’na sığınarak can ve mal güvenliğine kavuştular.
Roma Engizisyonu’nu ünlü kılan ise ünlü bilim adamı Galileo Galilei’yi sorgulamasıdır. Galilei 1611 yılında Roma’ya geldi ve papalık yetkililerine teleskopuyla bir gösteri yaptı. Büyük ilgi gören Galilei bu durumdan cesaretlenerek Kopernik kuramını açıkça savunmaya başladı. Kopernik kuramına göre evrenin merkezinde Güneş vardı. Dünyayı merkez gören Aristotelesçi profesörler Galilei’ye cephe aldılar ve onu engizisyona gizlice ihbar ettiler. Davasından dönmeye ikna edilen ünlü bilim adamının ağzından şu sözler dökülüyordu: “Güneş evrenin merkezindedir dediğim için yargılanıyorum ve bu tür aykırı görüşleri nefretle kınıyorum, lanetliyorum. Aynı zamanda Kutsal Katolik Kilisesi’ne yapılan tüm yanlışları da.”
Ünlü bilim adamı için mahkemeden 7 yıl ev hapsi cezası çıktı ve Kopernik’in kitabı, “Yasak Kitaplar Listesi Kurulu’nca” yasaklandı. Galilei’nin görüşlerini mahkemede inkâr etmesinin temelinde meslektaşı Kopernikçi Giardano Bruno’nun kazığa bağlanıp yakılmasının etkisinin olup olmadığı ise hala sırrını korumaktadır.
